Ilmuwan Indonesia Ukir Sejarah Baru dan Penting Dalam Penelitian Virus Corona

Data Sekuens Lengkap Pertama dari Indonesia

Dikutip Dream di halaman resmi Eijkman Institute, 6 Mei 2020, ini adalah data sekuens lengkap pertama virus corona dari Indonesia yang telah diunggah ke pusat data GISAID.

Pusat data GISAID mendukung proses cepat dalam berbagi lebih dari 16.000 data virus corona di seluruh dunia.

Menurut LBM Eijkman, data awal dari 3 isolat ini akan sangat bermanfaat bagi penelitian lanjutan. Terutama yang terkait dengan epidemiologi (bagaimana virus berevolusi dan menyebar), pengembangan vaksin, dan obat antivirus.

Virus Corona Bermigrasi dan Berevolusi

Ke tiga sekuens lengkap dari genom virus SARS-COV-2 pada pasien Covid-19 Indonesia itu diberi nama dengan menggunakan ID. Masing-masing ID tersebut adalah EIJK2444, EIJK0141, dan EIJK0317.

Pradiptadjati Kusuma, salah satu peneliti postdoctoral LBM Eijkman di bidang evolusi dan genetika populasi, mengatakan 3 sampel itu, secara evolusi, semua transmisinya berasal dari China.

Kemudian virus dari China ini bermigrasi. Sepanjang migrasi dan penularannya dari satu host ke host lainnya, virus-virus ini juga berevolusi.

Sama seperti manusia, virus ini terus berevolusi. Tapi bedanya, virus berevolusi jauh lebih cepat dibanding manusia.

(Sah, Sumber: Facebook Eijkman Institute)

Penelitian: Virus Corona Paling Mematikan Berasal dari 3 Varian Ini

Dream - Tim peneliti genetika asal Jerman dan Inggris mendapat temuan virus corona telah bermutasi. Setidaknya ada tiga varian mutasi yang muncul, dikategorikan Tipe A, Tipe B, dan Tipe C.

Para peneliti tersebut menganalisa 160 genom lengkap dengan urutan pasien manusia antara tanggal 24 Desember 2019 hingga 4 Maret 2020. Kemudian melakukan konstruksi jalur evolusi awal Covid-19 pada manusia.

" Mutasi Covid-19 bergerak sangat cepat dan cukup sulit untuk melacak pohon keluarganya dengan rapi. Kami menggunakan algoritma matematika dan berupaya memvisualkan pohon keluarga tersebut secara masuk akal dan bersamaan," ujar Ahli Genetika University of Cambridge, Peter Foster, dikutip dari South China Morning Post.

Selain itu, Peter juga menjelaskan teknik yang digunakan untuk memetakan evolusi virus corona biasanya dipakai untuk memantau pergerakan populasi manusia prasejarah menggunakan DNA. Menurut dia, penggunaan metode ini merupakan kali pertama dalam melacak rute evolusi virus corona.

Tiga Varian Label: Tipe A, Tipe B, Tipe C

Virus corona Tipe A merupakan virus yang ditemukan pada kelelawar di Kota Wuhan. Tetapi, tipe ini bukan jenis utama di China.

Tipe A juga pernah ditemukan pada seorang pasien asal Amerika Serikat yang tinggal di Wuhan. Juga pada pasien yang tinggal di Amerika Serikat dan Australia.

Varian tipe paling umum yang ditemukan di Kota Wuhan adalah Tipe B. Menurut para peneliti, tipe ini tidak banyak menyebar di luar Asia Timur sebelum bermutasi karena adanya banyak perlawanan di luar wilayah Asia Timur.

Tipe C merupakan varian yang paling umum ditemukan di Eropa berdasarkan kasus di Prancis, Italia, Swedia, dan Inggris. Tipe ini belum terdeteksi pada pasien di China, meskipun samplenya sudah ditemukan di Singapura, Hongkong dan Korea Selatan.

Para peneliti menyimpulkan Tipe A adalah akar dari wabah karena hubungannya dekat dengan virus yang ditemukan pada kelelawar dan trenggiling. Sedangkan Tipe B berasal dari Tipe A yang bermutasi dan Tipe C merupakan 'anak' dari Tipe B.

" Virus Tipe B asal Wuhan secara imunologis atau lingkungan dapat mudah beradaptasi di Asia Timur," jelas Foster.

" Tetapi untuk kawasan di luar Asia Timur, virus memerlukan perlawanan. Kami melihat tingkat mutasi yang lebih lambat di luar Asia Timur pada fase awal ini," tambahnya.

Pergerakan Orang Membantu Persebaran Virus

Foster juga menjelaskan bagaimana pergerakan orang membantu persebaran virus secara cepat. Penelitian tersebut mendokumentasikan 10 mutasi perjalanan dari Wuhan ke Meksiko.

" Kami telah melakukan konstruksi 'pohon keluarga' (sejarah evolusi) virus manusia. Melalui metode itu, kita dapat melacak rute virus dari satu manusia ke manusia lainnya, sehingga kita memiliki alat statistik untuk menekan persebaran virus di masa depan ketika virus mencoba kembali," jelas Foster.

Foster mengatakan penelitian lebih lanjut dapat juga membantu menentukan kapan wabah dimulai melalui data. Ia berharap perkembangan data dari wabah ini dapat membantu simulasi komputer untuk lebih efektif dan tepat dalam memprediksi sebuah tindakan.

Ahli Epidemiologi Universitas Sun Yat-sen Guangzhou, Lu Jiahai, mengatakan penelitian ini membantu menganalisa awal terjadinya wabah.

" Penelitian ini menunjukkan bahwa persebaran virus disesuaikan dengan populasi sebuah negara, maka pandemi ini perlu ditanggapi dengan serius. Orang-orang perlu memperhatikan pencegahan dan pengendalian virus agar dapat hidup berdampingan untuk waktu yang lama," jelas Lu.