Keunikan dari Masjid Agung Samarra terletak pada bentuk menara spiralnya yang mengingatkan akan Menara Babel (the Tower of Babel) di masa Kerajaan Babilonia.
Arsitektur masjid ini merupakan perpaduan dari budaya China, Betawi, Jawa, dan juga Arab. Meski terjepit gedung pencakar langit, masjid ini masih tegar berdiri.